Selon les nouvelles données archéologiques, les niveaux les plus anciens d’occupation à Boukhara peuvent être datés des 5ème-2ème siècles av. J.-C.  Pendant cette période, Boukhara était composé d’une citadelle (arg; ca. 2 ha) sur une colline et d’un grand et étendu quartier au-delà d’un fossé à l’est. Vers le 3ème siècle av. J.-C., la citadelle a été renforcée avec des murs jusqu’à 6-7 m d’épaisseur. À la fin du premier millénaire av. J.-C. et dans les siècles qui ont immédiatement suivi, Boukhara a été un territoire autonome au sein du domaine de la dynastie K’ang-chü; ses dirigeants portaient le titre araméen MRʾY «souverain» et ont frappé des pièces de monnaie sur le modèle des tétradrachmes du roi bactrien Euthydemos (d. ca. 189 av. J.-C.), avec une évolution progressive à la fois de l’image et de l’inscription.