Согласно новым археологическим данным, древнейшие уровни заселения Бухары можно датировать V-II веками до нашей эры. В этот период Бухара состояла из цитадели (ок. 2 га) на холме и большого и обширного района за рвом на востоке. Примерно в III веке до нашей эры. до н.э. цитадель была укреплена стенами толщиной до 6-7 м. В конце первого тысячелетия до н.э. и в последующие столетия Бухара была автономной территорией в пределах владений династии Кан-чжу; его правители носили арамейский титул MRʾY «правитель» и чеканили монеты по образцу тетрадрахм бактрийского царя Евтидема (ум. около 189 г. до н.э.) с постепенной эволюцией как изображения, так и надписи.